Het doel van wetenschap is nieuwe kennis te verwerven door het doen van onderzoek. Er bestaan verschillende methoden voor het doen van onderzoek. Dit hangt samen met de diversiteit aan onderzoeksrichtingen. Om enkele voorbeelden te noemen: binnen de filosofie vindt het onderzoek plaats op een beschouwende manier waarbij men gebruik maakt van argumentatiestructuren. Binnen de psychologie vindt het onderzoek experimenteel plaats; men observeert menselijk gedrag en trekt conclusies over de werking van cognitieve functies bij de mens. Binnen de computerwetenschap is het onderzoek gericht op het (door)ontwikkelen van algoritmen; hierbij worden bestaande algoritmen uitgebreid of toegepast op nieuwe vraagstukken. Maar ook dit onderzoek kan op een experimentele manier plaatsvinden, door de werking van nieuwe systemen of algoritmen te observeren.
Experimenteel onderzoek wordt ook wel empirisch onderzoek genoemd. Het is binnen de wetenschap een veel gebruikte methode van onderzoek en wordt daarom hieronder behandeld. Het onderzoeksproces bij empirisch onderzoek wordt weergegeven door de empirische cyclus. Het is een cyclus omdat de onderzoeker aan het einde van de rit weer terugkomt op het punt waar begonnen was. Hieronder worden de fases van de empirische cyclus beschreven. Daarbij wordt als voorbeeld het onderzoek naar klassieke conditionering genoemd van Pavlov (1928).
De empirische cyclus begint met een waarneming. Zo’n waarneming kan zowel direct (eigen ervaring) of indirect (ergens iets over gelezen of gehoord) zijn. Uit deze waarneming volgt dan een onderzoeksvraag, die door middel van onderzoek beantwoord moet worden.
Na de waarneming en de onderzoeksvraag is de volgende stap in de empirische cyclus het formuleren van een onderzoekshypothese. De onderzoekshypothese is een voorlopig antwoord op de onderzoeksvraag en geeft weer wat logischerwijs verwacht wordt op basis van eerdere bevindingen en waarnemingen beschreven in de literatuur.
De onderzoekshypothese moet falsificeerbaar zijn. Dit betekent dat er een dataset (waarnemingen, gegevens en uitkomsten van een experiment) mogelijk moet kunnen zijn die de theorie weerlegt. Een goed geformuleerde onderzoekshypothese is in principe met een enkele waarneming te falsificeren.
De fase waarin de onderzoekshypothese opgesteld wordt, heet de inductiefase waarbij van het bijzondere/specifieke (een beperkt aantal waarnemingen) naar een algemeen geldende theorie (onderzoekshypothese) gegaan wordt.
Op basis van de onderzoekshypothese wordt een onderzoek opgezet dat de hypothese kan testen. Gegeven de hypothese, worden dan bepaalde resultaten uit het onderzoek verwacht. De resultaten die verwacht worden, worden samengevat tot de voorspelling, en hiermee kan de onderzoekshypothese bevestigd of verworpen worden.
De fase waarin van een algemene onderzoekshypothese naar een specifiekere voorspelling gegaan wordt, is de deductiefase. Er wordt dan een concrete definitie gegeven van wat onderzocht gaat worden, waarbij exact aangeven wordt wat gemanipuleerd en/of gemeten wordt. Dit heet operationalisering. In de praktijk moet goed nagedacht worden over welke uitkomsten van het onderzoek voorspeld worden en wanneer deze wel of niet uitgekomen zijn. De voorspelling moet dus heel concreet zijn. Het is mogelijk om bij één onderzoekshypothese meerdere voorspellingen te formuleren. Alle voorspellingen moeten toetsbaar zijn.
In de toetsingsfase wordt nagegaan of de resultaten van het experiment overeenkomen met de voorspellingen. Deze fase bestaat in de wetenschap uit het uitvoeren van het onderzoek door middel van een experiment of door middel van analyse van bestaande data uit wetenschappelijke literatuur. Bij het ontwerpen van een experiment is het belangrijk dat er controlemaatregelen worden genomen. Deze maatregelen zijn er om te voorkomen dat andere factoren dan de uitgekozen variabele, invloed hebben op het toetsen van de voorspellingen. In de toetsingsfase wordt naast het doen van de experimenten vaak ook statistiek toegepast.
In de laatste fase worden de resultaten van het onderzoek bekeken en worden er conclusies getrokken. Aan de hand van de voorspellingen en of deze wel of niet zijn uitgekomen, wordt duidelijk of de onderzoekshypothese voor dit experiment juist was of weerlegd kan worden. In de evaluatiefase wordt bekeken hoe reëel verklaringen zijn en hoe reëel alternatieve hypothesen zijn.
Vaak komen er tijdens het evalueren nieuwe vragen op die getest moeten worden. Zo worden er dus voortdurend denkstappen gezet in de cirkel van de empirische cyclus, steeds gebaseerd op concrete (nieuwe/aanvullende) waarnemingen. Elke conclusie en nieuwe onderzoeksvraag brengt de wetenschap weer een stapje verder, als in een opwaartse spiraal.
Een wetenschappelijk verslag heeft een communicatieve functie waarbij onderzoekers aan vakgenoten laten zien welk onderzoek ze gedaan hebben en welke resultaten uit dit onderzoek zijn gekomen. Het verslag moet voldoende informatie geven om het onderzoek te kunnen beoordelen en eventueel te repliceren. Hiertoe worden alle fasen van de empirische cyclus weergegeven en wel op zodanige wijze dat de lezer alle denkstappen, observaties en gegevens kan volgen, nagaan en voor zichzelf kan verifiëren om tot een conclusie te komen. In het hoofdstuk Wetenschappelijk verslag staat beschreven hoe de stappen van de empirische cyclus in een wetenschappelijk verslag worden opgenomen.